Program Pembelajaran di Sekolah Anak Indonesia menggunakan metode pembelajaran yang disebut sebagai Pengkajian Budaya Papua dan Modernisasi (PBPM). PBPM menekankan kepada tiga unit nilai primer yaitu mencintai kehidupan (yang kemudian menjadi dasar ketahanan budaya, ekonomi, dan teknologi; pengembangan kemampuan (skill) siswa (manajemen teknologi, manajemen modal, dan manajemen pasar). Mengingat latar belakang siswa Papua yang lebih akrab dengan pendidikan tradisional yang cenderung skill-based education; perwujudan dua hal tersebut dilakukan dengan dasar pembelajaran berstandar nasional — agar kemampuan siswa tetap relevan dengan standar nasional namun secara berkesinambungan dapat pula tercapai pengembangan ekonomi masyarakat di daerahnya. PBPM diwujudkan dalam lima ruang yaitu skill, teori, nalar, komunitas, kemandirian, keimanan. Lima ruang ini kemudian diimplementasikan dalam berbagai program dan kegiatan pembelajaran baik di sekolah maupun asrama.
Sekolah Anak Indonesia terdiri dari 3 jenjang pendidikan SD, SMP, dan SMA dengan ekstensi program PMD (Pendidik Masa Depan). Masing-masing jenjang memiliki fokus pembelajaran dan pengkajian masing-masing. SD difokuskan menjadi Ahli Kampung, SMP difokuskan untuk menjadi Ahli Teknologi, SMA difokuskan menjadi Entrepreneur, sedangkan PMD difokuskan untuk menyiapkan SDM OAP Abad 21 dalam skala jangka pendek. Seluruhnya akan bermuara pada pengembangan ekonomi masyarakat (Papua). Metode belajar yang berbeda dengan pembelajaran konvensional– yaitu siswa mengerjakan project panjang sesuai dengan fokus pengkajian jenjang pendidikannya di pagi hari yang diintegrasikan dengan pelajaran sains dan bahasa dalam pengkajiannya; lalu di siang hari siswa melaksanakan ‘jam komunitas’ — yaitu pembahasan secara sosial mengenai potensi-potensi masalah apa saja yang mungkin terjadi di Papua jika project panjang yang dikerjakan di pagi hari diterapkan di Papua– proses ini bertujuan menumbuhkan kemandirian untuk menjelajah ilmu pengetahuan melalui diskusi yang dikaitkan dengan proses pembangunan dalam berbagai aspek yang berpotensi diterapkan di daerahnya. Project yang dimaksud dalam berbagai bentuk mulai dari project pengembangan ekonomi masyarakat (agroteknologi, pertanian, pakan, sains, dll) hingga entrepreneurship yang komperehensif (mulai dari pemetaan market hingga eksekusi bisnis). Proses panjang ini juga melibatkan mitra pendidik yang ahli di bidangnya masing-masing yang dilaksanakan dalam skema Multisite Learning– di mana mitra pendidik dan siswa saling bertukar nilai untuk kemudian melahirkan transisi nilai baru yang paling efektif dan efisien dalam konteks Papua.