Kemampuan membedakan yang benar dan yang salah, serta keberanian untuk melakukan yang benar sesuai dengan karakter seorang anak Indonesia adalah inti dari pembentukan karakter di SAI. Proses pembentukan karakter ini berlandaskan pada iman dan ketakwaan pada kepercayaan yang dianutnya.

Pembentukan karakter dan budi pekerti dilakukan melalui kehidupan di asrama dan kegiatan di sekolah. Siswa dilatih memiliki rasa tanggung jawab, kemandirian, jiwa kepemimpinan dan kepedulian. Kegiatan ekstrakurikuler juga mendorong siswa mengenal dan mengembangkan akar budaya mereka, memiliki rasa bangga akan daerahnya, serta mampu mengembangkan visi hidup bagi pembangunan daerah mereka.